面积较大的连片生产田由于土壤条件和管理措施存在一定的差异，可能会引起不同片区种子成熟期不一致，此时，应先收获成熟较早的片区，减少成熟种子的落粒损失。
收获时间要考虑收获方式的差异。当使用作业效率较高联合收割机收获时，可在最佳收获时期采收；而使用小型割草机或人工采收时，作业效率较低，应适当提前收获时间。
收获时间还需要兼顾气象条件。降雨会降低种子质量，增加采收作业难度，应尽可能避免雨季收种。可根据天气预报适当提前或推后收获时间。
使用联合收割机收获时，可在收割前3～5天对植株喷洒干燥剂进行干燥处理。干燥剂为接触性除锈剂，如敌草快、敌草隆、利谷隆等。采收应在无露无雾、晴朗干燥的时候进行，这样种子易于脱粒，减少收获损失。目前国内的联合收割机大多数不是专业的牧草种子收获机械，因此，收获苜蓿种子时应对相关参数进行适当调整，降低采收过程中的损失。
刚收获的种子必须立即进行干燥。应充分的利用较好的天气条件进行曝晒或摊晾，晾晒场地以水泥晒场为好。晾晒的种子应摊成波浪式，厚度不超过5厘米，并适时翻动。
如收获后天气潮湿，应使用专用的干燥设备做人工干燥，如火力滚动烘干机、烘干塔、蒸汽干燥机等。烘干温度保持在30℃～40℃。
使用种子专业牧草种子清选机对干燥后的种子进行清选，要在尽可能减少净种子损失的前提下，除去种子中的混杂物或其它植物种子。常用的清选方法有风筛清选、比重清选、窝眼清选和表面特征清选等。常用设备有气流筛选机、比重清选机、窝眼盘分离器和螺旋分离机等。
种子收获后，应及时清除田间的稿秆。对于植株密度过大（大于25株/平方米）的种子田，应进行行内疏枝。行距60厘米时，每隔30厘米耕除行内30厘米长度范围内的植株。
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